Posebnost Bošnjaka (tada Muslimana) u odnosu na Srbe i Hrvate isticana je tokom cjelokupne borbe za vjersko-mearifsku autonomiju Bosne i Hercegovine. Ovakav stav Bošnjaka nije se mijenjao ni uslijed ogromnih pritisaka od srpske i hrvatske politike, što je značilo da oni svoju budućnost žele graditi kao posebna autonomna zajednica. Bošnjaci su tokom trajanja pokreta za autonomiju u velikoj mjeri prioritet davali vjerskom pitanju, te se tu može vidjeti jasna razlika i odvajanje vjerskog pitanja od državnog i nacionalnog.
Mana pokreta za autonomiju bila je u tome što su se tokom pokreta Bošnjaci ponašali više kao vjerska zasebna skupina nego kao nacionalna, što su u velikoj mjeri i potencirali u svojim javnim istupima. Pitanje države Bosne i Hercegovine kao samostalne i autonomne teritorije više je privlačilo Srbe i Hrvate zbog njihovih namjera prema njoj, koje se, izgleda, nisu promijenile do danas. Bošnjaci na početku nemaju viziju o samostalnosti Bosne i Hercegovine kao nezavisne države, slobodne od utjecaja Beča ili Carigrada, pa zbog toga početak pokreta i njegovo djelovanje u prvih nekoliko godina možemo smatrati ograničenim i usmjerenim isključivo prema rješavanju vjersko-vakufske nadležnosti.
Tokom represivnog djelovanja vlasti prema svim uglednim nosiocima pokreta za autonomiju došlo je do zasićenja i stagnacije u borbi. Međutim, pokret je i tada nastavio djelovanje. Svoj je smjer pokret promijenio u manjoj mjeri nakon smrti Benjamina Kallaya. Početak pokreta govori o indirektnom stvaranju potrebe Bošnjaka za samostalno organiziranje te općenito djelovanje, što je svakako, gledajući iz današnje perspektive, bio korak prema državnoj samostalnosti. Prve korake koje poduzimaju tokom nastavka pokreta vezani su za odlazak respektabilne delegacije u Carigrad kod efendije Džabića s ciljem da se privoli da pomogne Bošnjacima u nastavku pregovora sa Zemaljskom vladom.
Efendija Džabić, zbog naredbe austrougarske vlasti, morao je odseliti iz Bosne i Hercegovine jer je bio okarakteriziran kao radikalan element. Delegaciju su činili veoma utjecajni ljudi koje je efendija Džabić poštovao: Šerif Arnautović, koji je tokom represivnih mjera bio pritvoren, ali je uslijed pritisaka od strane Bošnjaka pušten na slobodu nakon Kallayeve smrti, Mahmud-beg Džinić, Šemsi-beg Zaimović i Derviš-beg Miralem. Ovaj odlazak u Carigrad označen je kao veoma pozitivan jer je efendija Džabić prihvatio prijedloge delegacije te im je, davanjem punomoći, omogućio legitimitet u daljnjoj političkoj borbi.
Sve ove okolnosti bile se podsticaj na veću aktivnost Bošnjaka i za proširenje dotadašnjeg pokreta. U toj namjeri, jedan od najvažnijih trenutaka za Bošnjake odigrao se krajem 1906. godine u Slavonskom Brodu. Na tom sastanku govorilo se o novoj strategiji Bošnjaka koja ističe da se nesređene prilike među Bošnjacima moraju konačno dovesti u red. Poseban značaj ovog sastanka bila je vidljiva odlučnost Bošnjaka koji su pokazali visok stepen političke organiziranosti u odnosu na početke pokreta za autonomiju.
Jedna od glavnih karakteristika zasjedanja u Slavonskom brodu bilo je i formiranje prve bošnjačke političke stranke pod nazivom Muslimanska narodna organizacija, za koju možemo reći da je postavila temelj za političko i nacionalno djelovanje Bošnjaka muslimana. Stranka je osnovana 3. decembra 1906. godine, a jezgro ovog pokreta bili su svi utjecajniji bošnjački predstavnici koji se ranije nisu kompromitirali podrškom okupacionoj vlasti. Formiran je egzekutivni odbor pod vodstvom Ali-bega Firdusa i od ovog trenutka borba Bošnjaka za autonomiju poprima širi karakter. Muslimanska narodna organizacija odmah je željela stvoriti ogranke širom Bosne i Hercegovine, čime bi pokazala svoju ozbiljnost, te tako uz pomoć mase pokret učinila velikim projektom.
Ipak, osnivanje ogranaka širom Bosne i Hercegovine nije bila lahko izvodljiva ideja zato što su vlasti kočile njen razvitak. Širenjem svojih interesa u pogledu rješenja autonomnog pitanja Bosne i Hercegovine, ta borba poprima potpuno novu dimenziju, jer ona više nije ograničena na samo jedno pitanje: borba se sad zasniva na političkom djelovanju koje se s vremenom razvilo u ozbiljan pokret.
Trenutak osnivanja organizacije može se uzeti i kao novi pogled Bošnjaka na državno-pravno rješenje Bosne i Hercegovine jer od tog trenutka oni imaju veću potrebu za nacionalnom posebnošću u odnosu na početke pokreta, kada su se Bošnjaci ponašali kao posebna vjerska, a ne nacionalna grupa. Iako je kod Bošnjaka nedostajao zvanični istup o samostalnosti države, ipak je proširenje pokreta za autonomiju značilo da bošnjačka politika ulazi u novu fazu, koju možemo okarakterizirati kao početni vid borbe za posebnu državnost.
Sve više izražavanje i potenciranje posebnosti značilo je, ustvari, nacionalnu borbu. Bošnjaci nisu željeli prihvatiti nametnute političke opcije od strane Srba i Hrvata, te su se svojih stavova veoma čvrsto držali. Ovu činjenicu može nam potvrditi djelovanje Bošnjaka i nakon borbe za vjersko-prosvjetnu autonomiju jer nastavljaju opoziciono djelovanje prema vlastima Austro‑Ugarske. Tu je, naravno, i neslaganje bošnjačke zvanične politike s proglašenjem aneksije BiH. Svi ovi elementi dugogodišnje borbe za očuvanje svog identiteta ukazuju nam u konačnici na postojanje razvijenog osjećaja za nacionalnu pripadnost zbog insistiranja na posebnosti, dok autonomna borba ukazuje na potrebu Bošnjaka za stvaranjem vlastite države.
Bošnjaci, kao zaseban kolektivitet, svoje nezvanično političko djelovanje započinju neposredno nakon austrougarske okupacije Bosne i Hercegovine, kroz razne peticije i akcije unutar borbe za vjersko-mearifsku autonomiju. Međutim, Muslimanska narodna organizacija prva je politička organizacija bosanskohercegovačkih muslimana. U prvoj fazi svog djelovanja ona se većinom orijentirala na saradnju sa Srpskom narodnom organizacijom, a časopis Musavat, koji je smatran glasilom Muslimanske narodne organizacije, trudio se da objasni razloge saradnje sa srpskom stranom.
Muslimanska narodna organizacija usmjerila je svoje djelovanje na gradove jer je u njima bilo najviše muslimanskog stanovništva. Glavni program stranke bio je fokusiran na pitanje zaštite posjedničkih interesa zemljoposjednika. Pitanje vjerske i vakufsko-mearifske autonomije još nije bilo riješeno pa je Muslimanska narodna organizacija svoju politiku usmjeravala ka rješenju i tog dugogodišnjeg problema. Kao najznačajnije vođe Muslimanske narodne organizacije, možemo istaći utjecajne zemljoposjednike koji su svoj ugled i povjerenje šire mase stekli zbog vođenja pregovora s vlastima te opiranja njenoj nametnutoj represivnoj upravi.
Vođe stranke bile su svjesne da su kulturna i vjerska autonomija podjednako važne za muslimanski narod, stoga s pravom možemo reći da su se zasluženo našle u vrhu prioriteta bošnjačkih političara na samom početku ozbiljnog političkog angažiranja. Oni su vršili pritisak na vlast zbog statuta autonomije, isticali su bitnost posebne uloge šejhul-islama, predstavnika sultana i islamske vjere. Veliki uspjeh u svojoj borbi Muslimanska narodna organizacija doživjela je nakon odobrenja vlasti da izrade statut o kulturnoj i vjerskoj autonomiji. Ovaj događaj bio je dokaz ozbiljnosti aktivnosti Muslimanske narodne organizacije kao političke stranke bosanskih muslimana.
Državno-pravni položaj u politici Muslimanske narodne organizacije definiran je time da Bosna i Hercegovina treba biti u sastavu Osmanskog carstva, ali sa širokom autonomijom kakvu do tada nije imala. Slične interese imali su i srpski političari koji su na sličan način vidjeli rješenje državno-pravnog pitanja. Šerif Arnautović unutar odbora zalagao se za politički i državno-pravni individualitet koji je Muslimanska narodna organizacija prihvatala i isticala u svom političkom djelovanju. List Musavat povremeno je propagirao stavove o poželjnoj saradnji sa Srbima, tvrdeći da je za Bošnjake ta saradnja bolja od eventualne saradnje s hrvatskim političarima, pravdajući to programom Srpske narodne organizacije, u kojem se ističe da je Bosna i Hercegovina dio Osmanske carevine kojim Austro-Ugarska upravlja na osnovu mandata evropskih sila.
Ovakvi stavovi Muslimanske narodne organizacije o saradnji sa srpskim političarima realniji su od saradnje s Hrvatima, jer su Hrvati kao katolici bili povezani s okupacionom austrougarskom vlašću. Zasebnost koju je propagirala Muslimanska narodna organizacija bila je prisutna u svakodnevnom životu. Ova politička organizacija davala je podršku osnivanju prve bosansko‑muslimanske banke i novčanih zavoda. Egzekutivni odbor Muslimanske narodne organizacije, u čijoj su nadležnosti bila ova i slična pitanja, dugo nije davao prednost ovim pitanjima, pa je tek 1911. godine osnovana zasebna muslimanska banka.
Muslimanska narodna organizacija, uprkos naporima, nije imala značajnog uspjeha na polju kulture jer nije imala širu podršku muslimanske inteligencije što je predsjednik organizacije Ali‑beg Firdus isticao u više navrata. Politička djelatnost ove stranke svodila se na otvaranje novih čitaonica te jačanje svog glasila Musavat, dok su Srbi i Hrvati svoju političku djelatnost širili i kroz kulturno-umjetnička društva. Pripadnici Muslimanske narodne organizacije razmjene mišljenja i ideja provodili su po “kahvama” u neformalnim razgovorima.
Na političkoj sceni pojavila se još jedna stranka koja se zalagala za prava bošnjačkog naroda – Muslimanska napredna stranka. Ova stranka “naprednih” Bošnjaka bila je prilično heterogena grupa čiji su se predstavnici isticali po pokretanju raznih kulturnih, prosvjetnih i privrednih akcija. Članovi Muslimanske napredne stranke bili su ugledni nezavisni intelektualci, režimski orijentirani ugledni građani, kao i državni činovnici.
U vezi s državno-pravnim statusom BiH i nacionalnim pitanjem, za razliku od Muslimanske narodne organizacije, Muslimanska napredna stranka otvoreno je podržavala prohrvatsku političku koncepciju. Napredna stranka trudila se da njena politička borba počiva na intelektualnoj osnovi, te su pažnju posvetili nauci i kulturnom radu. Za razliku od Muslimanske narodne organizacije, svoj put nastojali su graditi u okviru Austro-Ugarske monarhije, smatrajući da je trenutna uprava trajno rješenje, dok su hrvatsku građansku politiku smatrali boljom opcijom za Muslimane. Ovakav stav o državno-pravnom rješenju naprednjaka govori nam da bošnjački političari ovog vremena nisu bili usaglašeni po pitanju puta kojim Bosna i Hercegovina u konačnici treba krenuti.
Specifičnost u političkom djelovanju Muslimanske napredne stranke bila je i u djelomičnom opozicionom stavu prema muslimanskim vjerskim autoritetima za koje su smatrali da sa svojim nivoom obrazovanja nisu dorasli zadacima koji se pred njih stavljaju. Važno je istaknuti da su naprednjaci još prije zvaničnog osnivanja političke stranke osnovali dobro organizirano Kulturno društvo “Gajret”. U svom programu otvoreno su isticali da su Bošnjaci starosjedioci u Bosni i Hercegovini, te stoga imaju potpuno pravo biti politički faktor koji će odlučivati o svim bitnijim pitanjima u vezi s državno-pravnim statusom BiH. Za članove Muslimanske napredne stranke autonomija Bosne i Hercegovine u punom smislu nije bila prihvatljiva. Smatrali su da bi s potpunom autonomijom Bosna i Hercegovina bila korak do ujedinjena sa Srbijom, što bi bilo pogubno za Bošnjake i njihove političke interese. Adem-aga Mešić išao je i korak dalje tvrdeći da je autonomija ustvari jednaka pripajanju Srbiji, te da do takvog rješenja statusa Bosne i Hercegovine ne smije doći.
Ove dvije stranke bile su u suglasju u vezi s vjerskim pitanjem koje im je bilo od velike važnosti. Stoga su tražili da se arapsko pismo uvede kao ravnopravno pismo s ostalim unutar austrougarskog obrazovnog sistema. Smatrali su da Bošnjaci koji služe austrougarskoj vojsci trebaju imati određene olakšice zbog vjerskih razloga. Iako je njihova stranka imala veoma dobro osmišljen program u kojem se prednost davala obrazovanju, kulturi, infrastrukturi, naprednjaci nisu uspjeli pridobiti veći broj poklonika.
Muslimanska narodna organizacija, i uprkos različitim unutrašnjim neslaganjima, ipak je ostala najbolje organizirana i najozbiljnija politička opcija Bošnjaka za vrijeme vladavine Austro‑Ugarske.