Ponovno zauzimanje albanskih teritorija (novembra 1944.) od strane jugoslavenskih komunističkih brigada, konkretno srpsko-makedonskih brigada, uz pomoć bugarskih i albanskih jedinica, bilo je popraćeno neviđenim krvoprolićem i zločinima nad albanskim civilnim stanovništvom.
Podaci koje su pružili neki ugledni albanski istraživači, ali i arhivska dokumentacija, ukazuju na to da su između novembra 1944. i septembra 1945. jugoslovenske komunističke snage ubile, masakrirale i strijeljale oko 36.000 Albanaca, uglavnom civila.
Važno je napomenuti da je takva anti-albanska politika u sjeveroistočnim regijama uočena odmah nakon što su jugoslavensko-makedonske komunističke jedinice, uz pomoć albanskih komunističkih jedinica, ponovno zauzele Veliku Dibru drugog septembra 1944. Istoga dana uspostavljena je jugoslovenska vojna uprava, koja je pod izgovorom “prikupljanja oružja” i “otkrivanja balističkih projektila” uhapsila desetke istaknutih albanskih aktivista iz ovog grada i okolice, od kojih su neki strijeljani bez ikakvog sudskog procesa, objavio je kosovski dnevnik Koha.
U drugoj polovici septembra, partizanske jedinice, u znak odmazde, spalile su sela Runić i Glažnje u Karadaku, Kumanovo. Ovaj događaj dogodio se neposredno nakon Preševske bitke, koja se odigrala u noći Bajrama (18.–19. septembra 1944.), između albanskih kreshničkih jedinica s jedne strane i jugoslovenskih partizanskih jedinica s druge. Nakon teškog poraza koji su pretrpjele komunističke jedinice u Preševskoj bitci, zapovjednik Štaba Narodnooslobodilačke vojske Makedonije, Mihajlo Apostolski, postigao je dogovor s vodstvom bugarske Komunističke partije o raspoređivanju bugarskih partizanskih brigada u Makedoniji.
Dana 25. oktobra 1944. bugarske jedinice raspoređene su u naseljima Tabanovce, Sopot, Staro Nagoričane i Novo Nagoričane. Sljedećeg dana ušle su u selo Moravce, a 27. u Bukuricu i Žunicu, nastavljajući svoj marš prema albanskim selima duž željezničke pruge, koja su bila pod kontrolom albanskih dobrovoljačkih snaga. U blizini Žunice susreli su se s albanskim dobrovoljcima, te su nakon dvosatne bitke Bugari bili prisiljeni povući se i smjestiti u selo Sopot. U znak odmazde, okupili su mještane, uključujući žene i djecu, koje su smjestili u školu, dok su muškarce, njih 71, smjestili u džamiju. Nakon mučenja, 68 ih je strijeljano; jedan mladić prekriven krvlju uspio je pobjeći, dok su dvojicu staraca poštedjeli.
U selu Blače kod Skoplja dogodio se pravi masakr. Ovaj tužni događaj zbio se između 18. i 19. novembra 1944., kada su partizanske jedinice XVI. brigade uhapsile 250 mještana iz Gornje Blače i 40 iz Donje Blače, od kojih je velik dio strijeljan na najokrutniji mogući način. Prethodno su, po naredbi zapovjednika brigade, Gligorija Šaranovića, pogubili 15 osoba pod izlikom da su zlostavljali srpsko stanovništvo u Karadaku. Ovaj masakr nije zadovoljio komuniste, koji su 19. novembra, tokom marša prema Kačaniku, poveli još 50 stanovnika Blače i kod Lepenca ih sve pogubili.
Nasilje i teror jugoslovenskih jedinica proširili su se po cijelom sjeveroistočnom albanskom području, od Struge do Preševa, pri čemu su okupacijske jugoslovensko-makedonske jedinice ubile i masakrirale stotine nevinih Albanaca, uhapsile hiljade drugih i smjestile ih u koncentracijske logore, kasarne i druge objekte, poput duhanskog monopola u Tetovu, vojnih kasarni u Kičevu i Gostivaru, zatim škola u Saraqini i Grupčinu, koncentracijskih logora u Vaksincu i Preševu…
Štab 48. divizije je 25. novembra 1944. izvijestio Štab Narodnooslobodilačke vojske Makedonije o broju uhapšenih Albanaca koji su smješteni u rovove jugoslavensko-makedonskih komunističkih brigada, gdje je samo u regiji Gostivar uhapšeno više od 5.000 Albanaca. Dan kasnije, u središtu grada Gostivara, oko 20 Albanaca strijeljano je bez suđenja, a njihova tijela ostavljena su na ulicama grada nekoliko dana kako bi se zastrašilo stanovništvo.
Masakri partizanskih snaga nisu tu stali; iz zatvora u Kičevu odvedeno je 320 muškaraca i mladića iz Zajaza i strijeljano na planini Gradiča, između sela Vrapčište i Toplica, vezani žicom i užadima, po šest osoba zajedno. U selu Vrapčište u novembru 1944. strijeljano je više od 150 Albanaca bez suđenja. Takođe je u regiji Gostivar selo Përshevcë spaljeno, a svi muškarci strijeljani su u jamama koje su sami morali iskopati pod prisilom vojnih jedinica.
Slično onome što se dogodilo u Gostivaru i Kičevu, isto se dogodilo i u Tetovu, gdje su po naredbi štaba 1. korpusa jedinice ovog korpusa okupile sve albanske muškarce i smjestile ih u tetovski duhanski monopol, u škole sela Želino, Grupčin itd. Tačan broj zatvorenika nije poznat, ali se pretpostavlja da je dosegao između 6.000 i 10.000 ljudi. Iz logora, kao i iz zatvora, svake noći strijeljane su desetine Albanaca prema posebnim popisima, pod izlikom da su navodno sudjelovali u skupinama Xhemë Gostivara i Mefail Zajaza.
Masovni masakri dogodili su se na obalama Vardara kod Tetova. Oni koji su bili određeni za pogubljenje od strane OZN-e, odvojeni su od mase drugih zatvorenika pod izlikom da će biti poslani u vojne jedinice ili prebačeni u druge logore, te su pogubljeni na putu.
Brojni zločini i masakri jugoslavenskih komunističkih jedinica, konkretno srpskih, bugarskih i makedonskih, dogodili su se i na području Gnjilana. Ove jedinice, posebno jedinice XVII. brigade, počinile su neviđeni teror i genocid u selima okruga Gnjilane, Preševo i Bujanovac, gdje su samo u gradu Gnjilanu masakrirale preko 200 Albanaca, među kojima su bile žene, djeca i starci.
Osim toga, jedinice ove brigade ubile su i masakrirale nekoliko stotina Albanaca u gradu Preševu, kao i u selima Tërnovce, Miratoc, Tërnovo, Neselce, Qallare itd. Ovi masakri duboko su razbjesnili albansko stanovništvo ovih okruga, koje se pridružilo nacionalnim snagama koje su predvodili Mulla Idriz Gjilani i Sul Hotla. Kao rezultat toga, u drugoj polovini decembra 1944. godine, nacionalne snage Mulle Idriza Gjilanija i Sula Hotle napale su jedinice 17. makedonsko-bugarske brigade u selima Sestivojce, Kermindell i Qarr, pri čemu su ove jedinice, nakon što su pretrpjele velike gubitke u ljudstvu i oružju, bile prisiljene povući se s bojišta.
Zabrinuto zbog ovih teških gubitaka i poraza koje su pretrpjele na bojištu, jugoslovensko-makedonsko-bugarske snage su se početkom 1945. reorganizirale i, uz dodatnu pomoć jedinica iz Srbije, Crne Gore i Makedonije, pokrenule novi val masovnih progona, hapšenja i pogubljenja Albanaca u regijama Gnjilana, Preševa, Bujanovca, ali i šire. Ovaj val terora nastavljen je sve do septembra 1945. godine, kada su, prema dostupnim podacima, jugoslovenske komunističke snage ubile, masakrirale i strijeljale više od 36.000 Albanaca, uglavnom civila, uključujući žene, djecu i starce.
Teror i represija jugoslovenskih komunističkih vlasti nisu bili ograničeni samo na fizičko uništavanje stanovništva. Uvedena je sistematska politika kolektivnog kažnjavanja albanskog naroda. Hiljade porodica protjerane su iz svojih domova, konfiskovana im je imovina, a mnoge su prisilno preseljene. U nekim slučajevima, albanska sela su spaljena do temelja, a stanovništvo potpuno raseljeno. Kulturni i vjerski simboli, poput džamija i medresa, sistematski su uništavani ili pretvarani u skladišta i vojne objekte, čime se nastojalo izbrisati svaki trag albanskog kulturnog identiteta na tom prostoru.
Ove činjenice, iako potkrijepljene brojnim svjedočanstvima, dokumentima i usmenim predajama, decenijama su bile sistematski prešućivane ili minimizirane u službenoj jugoslovenskoj historiografiji. Albanske žrtve komunizma nisu bile priznate, a zločini počinjeni nad njima nisu bili predmet nikakvog sudskog procesa ni javne osude. Štaviše, pripadnici jugoslavenskih partizanskih jedinica koji su direktno učestvovali u masakrima nad Albancima često su slavljeni kao narodni heroji i nagrađivani za “oslobađanje teritorija“.